മഥുരയില്‍ നിന്ന് പത്തു കിലോമീറ്റര്‍ അകലെ വൃന്ദാവനത്തിലാണ് മീരാഭായി ക്ഷേത്രം സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നത്. ഭഗവാന്‍ കൃഷ്ണന്‍ തൻ്റെ കുട്ടിക്കാലം ചെലവഴിച്ച സ്ഥലമാണിത്. ‘തുളസി’, ‘വന്‍’ എന്നീ അര്‍ത്ഥമുള്ള ‘ബൃന്ദ’ എന്ന പദങ്ങളില്‍ നിന്നാണ് നഗരത്തിൻ്റെ യഥാര്‍ത്ഥ പേരായ ബൃന്ദാവനം ഉണ്ടായത്.
1524 ല്‍ ശ്രീകൃഷ്ണനെയും അദ്ദേഹത്തിൻ്റെ ഓര്‍മ്മകളെയും തേടി മീരാ ഭായി വൃന്ദാവനത്തിലെത്തി. അവള്‍ 1524 മുതല്‍ 1539 വരെ വൃന്ദാവനത്തില്‍ താമസിച്ചു. പിന്നീട് അവള്‍ വൃന്ദാവനം വിട്ട് ദ്വാരികയിലേക്ക് പോയി, മരണം വരെ അല്ലെങ്കില്‍ 1550 ല്‍ കൃഷ്ണനില്‍ ലയിക്കുന്നത് വരെ അവിടെ തങ്ങാന്‍ പോയി.
കുട്ടിക്കാലം മുതല്‍ മീരാഭായി, ശ്രീകൃഷ്ണൻ്റെ കടുത്ത ഭക്തയായി. ഒരിക്കല്‍ അവളുടെ അമ്മ കൃഷ്ണനെ മീരയുടെ ഭര്‍ത്താവായി വിളിക്കുകയും അന്നുമുതല്‍ അവള്‍ സ്വയം കൃഷ്ണൻ്റെ ഭാര്യയായി കണക്കാക്കുകയും ചെയ്തുവെന്ന് ഐതിഹ്യം പറയുന്നു. ജോധ്പൂരിലെ മാര്‍വാറില്‍ കുര്‍ക്കി ഗ്രാമത്തിലാണ് മീരാഭായി ജനിച്ചത്. അവളുടെ ചെറുപ്പത്തില്‍ തന്നെ അവളുടെ അമ്മ മരിച്ചു, അവളുടെ പിതാവ് അവളെ ചിത്തോറിലെ കിരീടാവകാശിയായ രാജകുമാരനും മഹാരാജ സംഗ്രാം സിംഗിൻ്റെ മൂത്ത മകനുമായ ഭോജ് രാജ് രാജകുമാരനുമായി വിവാഹം കഴിച്ചു. പക്ഷേ കൃഷ്ണനോടുള്ള അവളുടെ ആരാധനയെ തടയാന്‍ യാതൊന്നിനും കഴിഞ്ഞില്ല. അവള്‍ വിവിധ ക്ഷേത്രങ്ങളില്‍ പോയി ഭഗവാന്‍ കൃഷ്ണനുവേണ്ടി പാട്ടെഴുതുകയും പാടുകയും ചെയ്തു, അത് രാജകുടുംബത്തിന് സ്വീകാര്യമായിരുന്നില്ല.
നാലുവര്‍ഷത്തെ ദാമ്പത്യത്തിനുശേഷം, അവളുടെ ഭര്‍ത്താവ് രാജകുമാരന്‍ ഭോജ് രാജ് ഒരു യുദ്ധത്തില്‍ മരിക്കുകയും അദ്ദേഹത്തിൻ്റെ സഹോദരന്‍ റാണാ ബിക്രംജിത് സിംഗ് ചിത്തോറിൻ്റെ ഭരണാധികാരിയാകുകയും ചെയ്തു. അദ്ദേഹവും മറ്റ് കുടുംബാംഗങ്ങളും മീരാഭായിയുടെ ആരാധന തടയാന്‍ കിണഞ്ഞു പരിശ്രമിച്ചെങ്കിലും സാധിച്ചില്ല. അപകീര്‍ത്തി തോന്നിയ റാണ ഒരു പെട്ടിയില്‍ വിഷം അയച്ച് അവളെ കൊല്ലാന്‍ പോലും ശ്രമിച്ചു, അവള്‍ അത് തുറന്നപ്പോള്‍ പെട്ടിയില്‍ ഒരു ശാലിഗ്രാമ ശില കണ്ടെത്തിയതായി പറയപ്പെടുന്നു. മീരാഭായി ക്ഷേത്രത്തിലെ വൃന്ദാവനത്തിലാണ് ഈ കറുത്ത ശാലിഗ്രാം സൂക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നത്.
മീരാഭായി ഇതിനും മറ്റ് ചില സംഭവങ്ങള്‍ക്കും ശേഷം, ചിറ്റൂര്‍ വിടാന്‍ തീരുമാനിച്ചു, അവള്‍ വൃന്ദാവനത്തിലെത്തി. ഇവിടെ അവള്‍ രൂപ ഗോസ്വാമിയും ജീവ ഗോസ്വാമിയും താമസിച്ചിരുന്ന ഒരു ആശ്രമത്തില്‍ എത്തി. വൃന്ദാവനത്തില്‍ അവള്‍ താമസിച്ചിരുന്ന സ്ഥലമാണിത്. പിന്നീട് അവള്‍ ദ്വാരകയിലേക്ക് പോയി, അവിടെ ശ്രീകൃഷ്ണന്‍ അവളെ തൻ്റെ വിഗ്രഹത്തില്‍ ലയിപ്പിച്ചതായി പറയപ്പെടുന്നു. ഈ ആശ്രമം പിന്നീട് അവളുടെ പേരില്‍ ക്ഷേത്രമാക്കി മാറ്റി. 1842ല്‍ ബിക്രം സംവത് 1898 ല്‍ ബിക്കാനീറിലെ രാജ് ദിവാന്‍ താക്കൂര്‍ രാം നരേന്‍ ഭാട്ടിയാണ് മീരാഭായ് മന്ദിര്‍ നിര്‍മ്മിച്ചത്. ഒരു വശം നിധിവനിലേക്ക് തുറക്കുകയും മറുവശം ഷാജി ക്ഷേത്രത്തിന് അഭിമുഖമായി തുറക്കുകയും ചെയ്യുന്ന റോഡില്‍ നിന്ന് തൊട്ട് അകലെയാണ് മീരാഭായി ക്ഷേത്രം . ഷാജി ക്ഷേത്രത്തില്‍ പ്രവേശിക്കുമ്പോള്‍, ഇടത്തോട്ട് ക്ഷേത്രത്തിൻ്റെ അതിര്‍ത്തി ഭിത്തിയില്‍ ഇടുങ്ങിയ ഒരു പാതയുണ്ട്, അത് മീരാഭായി ക്ഷേത്രത്തിലേക്കുള്ള പാത നയിക്കുന്നു. രാജസ്ഥാനി വാസ്തുവിദ്യയില്‍ ഇത് വളരെ ലളിതമായ ഘടനയാണ്. ക്ഷേത്രത്തിൻ്റെ കവാടത്തില്‍ നിന്നുപോലും ശാലിഗ്രാമ ശിലാ പ്രതിഷ്ഠയെ കാണാം. ഈ ശിലയില്‍ കണ്ണ്, മൂക്ക്, ചെവി, ചുണ്ടുകള്‍ എന്നിവ കാണാമെന്നും അത് ശ്രീകൃഷ്ണനെയാണ് ആരാധിക്കുന്നതെന്നും ആളുകള്‍ പറയുന്നു. ക്ഷേത്രത്തിന് അഭിമുഖമായി മുറ്റത്ത് ധാരാളം പച്ച ചെടികളുണ്ട്. മണി പ്ലാൻ്റും മറ്റ് ചില അലങ്കാര പച്ച സസ്യങ്ങളും ഒരു ചെറിയ ജലധാരയെ ചുറ്റിപ്പറ്റിയാണ്, അത് സാധാരണയായി വേനല്‍ക്കാലത്ത് മാത്രം പ്രവര്‍ത്തിക്കുന്നു.
